Moduł zarządzanie ryzykiem wspomaga identyfikację i analizę ryzyk oraz ich późniejsze monitorowanie. Systematyczne zarządzanie ryzykiem jest wymogiem wielu standardów zarządzania m.in. nowej normy ISO 9001:2015, gdzie stanowi m.in. alternatywę dla działań zapobiegawczych.
Proces zarządzania ryzykiem w programie eSEKTOR jest podzielony na etapy: identyfikacji ryzyk, identyfikacji czynników ryzyka (źródeł zagrożeń i szans) oraz podatności na zagrożenia lub szanse, opisania skutków ryzyka, estymację i ocenę ryzyka, ustalenia reakcji na ryzyko oraz monitorowania i raportowania ryzyka. eSEKTOR pozwala zarządzać ryzykiem w obszarze procesów i zadań organizacji.
Moduł pozwala maksymalnie uprościć proces zarządzania ryzykiem i pomaga dokonać szybkiej estymacji ryzyka i jego oceny. Oceniający może w systemie doprecyzować uwarunkowania i czynniki wpływające na ryzyko.